“南都量化曆史研究最佳論文獎”于2015年設立，由南都公益基金會提供經費支持。該論文獎旨在推動現代社會科學的分析範式和研究方法在曆史研究中的應用（經濟史、金融史、社會史、政治史、制度史、文化史、文獻史，等等）。入選本年度量化曆史國際研究年會的工作論文，作者是年青老師（職稱為副教授或以下）、博士後、博士碩士研究生、本科生、或自由職業者。共評選出兩篇優秀論文，其中一等獎和二等獎各一篇。獲獎論文作者将獲得榮譽證書和獎金（一等獎五萬元、二等獎三萬元，均為稅前金額）。

2015年，首屆“南都量化曆史研究最佳論文獎”獲獎論文為：《從“異域”到“新疆”：統治方式演變對經濟發展的影響——來自清代改土歸流的實證證據》，二等獎論文，作者：李楠、林友宏；《習俗與契約治理：清代山西土地典契定價的量化分析》，二等獎論文，作者：何石軍、溫方方。

2016年，第二屆“南都量化曆史研究最佳論文獎”獲獎論文為：《There Will Be Killing: Collectivization and Death of Draft Animals》，一等獎論文，作者：陳碩、蘭小歡；《财政合理化改革，攫取之手與國家能力——來自18世紀中國“火耗歸公”的證據》，二等獎論文，作者：郝煜、劉正铖。

2017年，第三屆“南都量化曆史研究最佳論文獎”獲獎論文為：《“瘴氣”的陰影：文革時期瘧疾大暴發的長期健康影響》，二等獎論文，作者：林友宏；《力難從心：同光中興時期的巡撫人事調整，動态演化與内在機制》，二等獎論文，作者：錢超峰。